莉莉说“将这些基因保持在线粒体内可以让细胞单独控制线粒体，因为关键蛋白质是在线粒体本身产生的。”这种局部控制意味着细胞可以更快、更有效地调节单个线粒体的能量产生，而不必对其所含的数百或数千个线粒体进行彻底的改变。例如，不正常的线粒体可以单独维修，而不是触发一个覆盖整个细胞的反应，而这可能导致其它一些东西失去平衡。
如果说线粒体与人体细胞甚至是地球上的所有生物细胞之间是宿主关系，那么，这就意味着包括人类在内的所有生物，体内都藏着大量的远古生物！
而莉莉也在研究如何消灭藏在生物体内的古生物，倒不如说杀死寄生虫的方法。
有意思的是，寄生虫从寒武纪到泥盆纪经过漫长的进化，有上千种分支，不同的生物体内的寄生虫都是不一样的，环境是生物进化的要素之一，生活在火山地区的寄生虫，具有耐高温特性，生活在深海的寄生虫，具有耐压力，耐缺氧，耐低温的特性，生活在天空上的，则具有可飞行特性，环境不同，变异也不同，甚至颜色也不一样，身体结构也不一样。
莉莉有过一个猜想，让寄生虫寄生，可以拥有寄生虫的能力，于是进化的另一方向，可控进化，而生物自然进化的是不可控的。
首先，寄生虫是真核生物，莉莉认为能操纵宿主行为的寄生虫可能会促进人类大脑的进化。
许多寄生虫为了提高自身的繁殖率和传播率，会操纵宿主的行为。弓形虫会搭乘四足生物的顺风车，导致它们脑部杏仁核中细胞发生表观遗传学变化。这些变化会使四足生物不再厌恶甚至接近鱼类，使得弓形虫能寄生在鱼体内。而只有寄生在鱼体内，弓形虫才能繁殖。它也可以感染生物，在感染生物后，它们无法生殖，但可能会改变生物的行为。
莉莉认为存在更早水蛭病毒会促使感染者分泌更多的含病毒的唾液，并使感染者产生恐水症，增加它们的攻击行为和咬人的可能性，进而通过这种途径传播。此外，许多已知的性传播病原体会操纵宿主的性行为。
因此莉莉有理由认为，大脑在进化过程中会产生一些保护性的对抗措施，能抵抗寄生虫对人类的操纵。这也帮助大脑塑造出惊人的、极其复杂的中枢神经系统。宿主演化出的对抗寄生虫操纵的方法主要有四种：限制寄生虫入脑、增加神经操纵的难度、增加信号传播的复杂性、提高大脑自身的韧性。
高等生物能通过一些方式将寄生虫阻挡在中枢神经系统之外，这种限制入脑的方式对除了寄生虫以外的其它病原体也适用。其中，血脑屏障是由物理和化学防护构成的第一道防线。
然而，寄生虫已经进化出一些能力，能在动物的脑部外控制宿主的行为：一些寄生虫会制造像多巴胺一样能改变行为的物质，并将其释放到血液中。其中一些物质影响宿主体内的激素分泌，而其它的物质则能激活特定的免疫应答，使其操纵宿主的行为。莉莉还表示许多寄生虫已进化出能通过血脑屏障的能力，能进入动物的脑部。
一些寄生虫能释放某些化学物质，改变宿主的行为。而宿主也会作出相应的反应，通过提高诱导一些反应所需的神经化学物质的数量，增加寄生虫的代谢成本。由于宿主体型通常更大，这些变化完全可以完全忽略，但对于寄生虫来说却是相当大的负担。
莉莉补充说：“由于现今寄生虫对宿主神经活动的操纵大多是间接的，因此在大脑早期进化阶段，这种通过增加信号传递成本的策略或许已经得到了充分的使用。如果这些对策如此有效，迫使大多数寄生虫不得不采取间接策略，那么对宿主来说，这种策略反而会变成一种负担。如果是这样的话，这个策略最终也被淘汰掉了。”
在中枢神经系统中，神经元之间、神经网络之间以及大脑和其它器官之间的信号传递主要通过神经活性物质来实现。寄生虫能通过产生强制性信号或劫持信号通路，来改变宿主的行为。但这种策略往往需要破解宿主内部信号传递的密码。
寄生虫更难破解更复杂的信号密码。例如，宿主能通过不同的神经化学物质的联合作用增加信号传递的复杂性，或者特定的时间内释放某些神经活性物质。此外，增加信号分子及其受体的数量与种类，也可以增加信号传递的复杂性。更精细的内部信号会增加寄生虫破解密码的时间。从适应性的角度来看，这可能会限制寄生虫，促使它们演化出其它的操纵手段。
增加神经系统的稳健性基本上等于控制寄生虫的危害程度。高等生物倾向于以这样的方式进化，也就是即使在被寄生虫攻击时，也能维持正常的行为和大脑功能。当机体产生特定的免疫应答时，往往意味着被寄生虫感染了。
在很大程度上，这些稳健性的适应措施，更有可能使宿主体内产生“由感染触发的可塑性反应”。也就是，无论病原体是否存在，大脑的生理状态和行为都能达到最好的状态。莉莉表示宿主在进化出应对策略时，也会存在一定的限制，这可能与宿主自身的新陈代谢水平、能量的来源和体型有关。例如脑体积更大的个体更有可能进化出高水平的复杂的保护措施。这是为什么昆虫更容易被寄生虫操纵。
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