秘书郎一职古已有之，明初并入翰林院，现在朱由校重新拿出来单独设置，摆明了就是要组建自己新的秘书班底，这种事自然立即引起了轩然大波，各种奏疏纷纷送到了朱常洛那里。
朱常洛看着这些废话连篇的奏疏简直气得要死，本来就窝着火，可现在这帮人还来火上浇油，你说他能不生气吗！
朱常洛看也不看，将所有奏疏一股脑给朱由校送去，同时再次下了一道圣旨，强调所有奏疏以后直接呈送南台，不得再入紫禁城，为了杜绝再有这种事情发生，他还下旨让司礼监和通政司一并迁往南台。
这下南台直接人满为患，办公场地也捉襟见肘，朱由校知道朱常洛这是在恶心自己，你不是要看我的能力吗？好，我就让你看看！
朱由校先是将自己的居住和办公场地再次缩小，随后将有限的房屋进行重新分配，一个部门一处院子，办公人员每人一个卡位集中到一起办公，这下不仅解决了办公问题，也正好解决了洪承畴和孙传庭的任命问题，因为司礼监被朱由校抓在了手里，朱常洛可以说是因自己一时气愤搬起石头砸了自己的脚。
紧接着，朱由校又趁机安插魏朝进司礼监，出任司礼监秉笔；严大成出任锦衣卫指挥佥事，负责他的个人安全。
自此，朱由校开始掌控实权，他也终于从“树荫”下走了出来，要直面文官集团了。
朱由校一直等着文官集团的反击，然而令他意想不到的是文官集团安静地出奇，在反对洪承畴和孙传庭出任秘书郎的行动失败后，所有人都没有再出声，这让他陷入到了迷惑之中。
时间就在这样诡异的氛围中又过了三天，八月十八日，方从哲再次来了。
这是朱由校来到这个世界第一个认识的文官，朱由校对他的印象不可谓不深，方从哲是个城府极深的老狐狸，自从他监国以后，一共就见过方从哲两回，每次他都要被方从哲这个老狐狸耍一顿，今天见面，可得小心点了。
方从哲还是那样，身体瘦小却精神矍铄，眼睛里冒着精光，一看就不是省油的灯。
一见面，朱由校随后问道：“方先生今天来是公事还是私事？”
方从哲却严肃道：“殿下，臣请问朝堂上有私事吗？”
“吗的，又掉进自己挖的坑里了！”朱由校暗道晦气，随即改口道：“方先生说的是，朝廷的事自然都是公事，有什么事方先生请讲。”
“殿下，臣请殿下准臣告老还乡。”
朱由校心中一乐，笑道：“方先生，你这算私事了吧？”
“殿下，臣年老体弱退位让贤，乃有利社稷之事，如何能算私事？”
“真特么会说！”朱由校还真没见过这么会整景的，他强忍着不爽的心情问道：“既然方先生说是退位让贤，那我倒想知道是哪位大贤？”
“回殿下，是叶向高！”
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