止贡活佛兵败后逃往本寺后山，丹增追进一看，一面坡上密密麻麻许多岩洞，不知该如何下手。原来止贡最重密修，故在山中加工天然岩洞和搭建石头小禅房，提供给本派或外派高僧静修，以修瑜伽那热六法为主，尤以拙火定法为修练基础，若练就，据说冬天可赤身，发挥的体热能溶化洞外积雪。
当时，年轻的错那宗庄园主首领贾雅巴献了一计：“大公子，这密洞上千，若逐个搜寻太费时日，可让士兵每人持一长杆，探入洞中，若无鸟雀飞出，即可证明洞内有人。”果然，用此法，当天下午便将那活佛活捉。
傍晚，沟内复于平静，一抹余辉洒在坡上，位于峭岩之上的止贡提寺贴壁凌空，颇为壮观，周围环列蜂巢状洞屋数不胜数。丹增不住口赞道：“地势形胜，真乃一方静修圣地呀。”
贾雅巴一撇嘴：“此沟山水绝佳，只是这止贡历代活佛高僧中不乏尚武好斗者，却是怪哉。”
被活捉的仁钦曲扎是止贡第二十三世活佛，押解到第巴府后，索南群培根据罪状将其打入雪巴列空大牢。这活佛虽有爱打仗的毛病，却也学识渊博、修行出众，故入狱不久，其弟子便纠集附近崇拜他的僧俗人等准备营救。五世达赖得知这一情况后，给第巴写了一信，希望从教派团结、稳定局面出发，慎重处理此事。于是，索南进行训诫后，放出了活佛。
西藏局势稳定后，固始汗与索南第巴拟定了一个善后处置意见，主要有以下条款：
1、所有噶玛寺院及僧人，全部换帽属黄，有不从者，在手背打上印记强制移交。
2、追随噶玛迫害格鲁和武装对抗甘丹颇章政权的贵族，庄园、土地、属民一律没收，分别赐给黄教寺院和拥护格鲁的贵族，部分由新政权直接掌握。
3、首府由日喀则迁移到拉萨，固始汗仍住日喀则。
4、各地部落首领和其他教派寺院之间不准自行通信往来。
五世达赖接到这份报告后陷入沉思。从少年时期就备尝打击迫害、饱经风浪的经历，使这位年轻的黄教领袖，有着超出同龄人的成熟、沉稳、冷静。
一日，五世达赖对第巴说：“索南呀，当初忽必烈皇帝支持萨迦，曾想下令废止西藏其他教派，被萨迦首领八思巴劝阻，由此形成不可强制灭宗改派的传统。明朝时帕竹派掌权，基本也做到了，只是后期噶玛上台坏了这个规矩，不得人心，导致垮台。所以，我的意见是噶玛黑帽系本寺楚布寺和红帽系本寺羊八井寺保留，没有参与武装反抗的该派寺院也容许存在，换帽寺院僧人的去留自便。”
索南认真地作着记录，不时点头。
“索南呀，还有益西，你们说说，这方圆万里的雪域该如何治理？”
“各地战事刚结束，我与汗王几次商议，主要是从稳定局面着眼，长远治理的办法还不及思考，汗王说佛爷对今后方略有何定见尽可示下，当照办。”
“这个问题我也正在思考，恐怕短时间里难以拿出一个方略，正因如此，我们做事应该留下回旋余地。被没收的噶玛派寺院和部落首领的土地、庄园，我不主张分配下去，先由政府集中管理，有功之人可以另外方式奖励。你们二位也知道，我们连支军队都养不起呀。”
二人深有同感地点点头。
“索南呀，师父身体怎样？”
“佛爷身体尚可，只是年岁大了，行走不便。”
“回想这些年，我格鲁几次九死一生，若不是师父多谋善断、鼎力支持，真不知道今天会是个什么样子，增加师父的供养是应该的。”
固始汗和索南根据五世达赖的意见，对原拟规定作了变动调整。固始汗宣布：将西藏每年全部税收作为达赖喇嘛的供养；对保留的噶玛寺庙僧人名额严加限制，第巴府派员长驻楚布寺监视；没收的土地、庄园交第巴府统一管理，对罪责较轻者处以高额罚金。
后来，四世班禅针对执行中发现的问题提出一些建议，得到采纳，比如减轻三分之一罚金，尽快恢复正常的通信交往等。噶玛有的喇嘛仍不甘心，或写文章或发表演讲攻击格鲁学说和新政权举措，四世班禅不顾年高体弱，亲自撰写了《狮子怒吼》，系统深入地驳斥了对方观点，很快消除了那些攻击言论的影响。
在这期间，固始汗作了一件对黄教意义深远的事情。在与噶玛二十多年的生死较量中，四世班禅深谋远虑，砥柱中流，赢得了格鲁全体僧众甚至外宗僧人的敬重。顺治二年（1645年），固始汗援引当年土默特部俺答汗赠予黄教首领索南嘉措“达赖喇嘛”尊号的前例，向德高望重、学识渊博的罗桑曲结赠送了“班禅博克多”尊号。“班禅”是藏语，“博克多”是蒙语，都是大智慧的意思。从此，“班禅”成为一个专用称号，罗桑曲结据此追认了前三世。互赠尊号，是当时流行于蒙藏的一项重要社交活动，是对对方的褒扬、认可与支持，是双方结盟的一种形式。
尔后历辈班禅均继承了前辈顾全大局、坚毅忍耐的传统，对国家统一、民族团结和藏区的稳定发展作出了重要贡献。
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