烧毁闵谦镐府第之后，哗变的朝鲜士兵前往并包围云岘宫，请求居住在里面的兴宣大院君予以协助，因大院君已经引退多年，与闵妃不和。但大院君面对上万乱军及其眷属时，却称“吾老矣，国事何知？圣上慈仁，必无他”等语，并厉声喝退士兵。
兵变爆发的当天下午。乱军士兵和朝鲜暴民先到东别营，占据武库，夺取武器。然后兵分三路展开暴动：一路袭击捕盗厅和义禁府，释放被关押的金春永、柳卜万等被捕士兵和民众及其他犯人，以及被囚禁之众多儒生，其中有“卫正斥邪”派之首领白乐宽，随后乱军士兵和市民又沿路捣毁了闵台镐、闵泳翊等外戚权贵以及与日本人有交往的人士的府邸，高呼着“杀光闵氏”的口号，一路袭击朝鲜禁卫军军营所在地下都监，杀死了统兵将领韩圣根金鲁元等人，从而使朝鲜政府手中唯一能镇压乱军士兵的力量被消灭；一路则占领京畿监营。接着与暴动民众一起攻打附近的日本公使馆，“声称要杀光所有的日本人。”
日本公使馆方面在当天下午3时接到禁卫军军官尹雄烈的信函。通知日本方面局势大乱，忠告其做好防范准备。日本公使馆要求朝鲜政府派兵保护未果。下午5时许。成千上万的朝鲜军民开始围攻日本公使馆，乱军士兵和市民与日本人激战至深夜，他们焚毁了公使馆周围的民房，以切断日本人的后路，日本驻朝鲜公使花房义质被迫烧毁公使馆，与使馆人员28人一路放枪，击毙不少围攻的朝鲜士兵后冲出一条血路，仓皇逃出。
花房义质一行人几经周折，逃到了仁川港避难，得到仁川府使郑志镕的款待。不料很快兵变波及仁川，当地居民围攻花房义质一行，迫使其于7月26日乘小船出海逃走。恰在此时花房义质遇到一艘英国测量船“飞鱼”号，花房与舰长熟悉，遂搭乘英国船逃回日本。在兵变过程中共有13名日本人被杀死（公使馆被攻击时死了7人，花房一行逃跑过程中死了6人）。
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